Lisans eğitimini 1981 yılında İstanbul Yıldız Teknik Üniversitesi (D.M.M.A), Elektrik Mühendisliği Bölümünde fakülte birincisi olarak bitiren Prof. Dr. Bekir Tevfik AKGÜN, hem yüksek lisans eğitimini hem de doktorasını ise İstanbul Teknik Üniversitesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümünde tamamladı.

Akademik kariyerine 1982 ile 1986 yılları arasında YTÜ Elektronik ve Haberleşme Mühendisliği Bölümünde Araştırma Görevlisi olarak başlayan AKGÜN, 1986 ile 1991 yılları arasında İTÜ Bilgisayar Mühendisliği Bölümünde Araştırma Görevlisi olarak görev aldı. 1992 yılında İTÜ Bilgisayar Mühendisliği Bölümünde Yardımcı Doçent kadrosunda öğretim üyeliğine başladıktan sonra 1996 yılında da Doçent unvanını aldı. 2000 ile 2002 yılları arasında YTÜ İletişim Tasarımı Bölümünde görev yapan AKGÜN, 2002 ile 2008 yılları arasında aynı bölümde Profesör olarak görevini sürdürdü.

AKGÜN, 2001 ile 2008 yılları arasında YTÜ Enformatik Bölümü Başkanlığı yaptı. 2003 ile 2006 yıllarında YTÜ İletişim Tasarımı Bölümü Başkanlığı ile birlikte YTÜ Sanat ve Tasarım Fakültesi Dekan Yardımcılığı görevlerini üstlendi. 2004 ile 2008 yılları arasında YTÜ E-Öğrenim Komisyonu Başkanlığı görevinde bulunan AKGÜN, 2006 ile 2008 yılları arasında YTÜ Sanat Bölümü Başkanlığı ve YTÜ Sanat ve Tasarım Fakültesi Dekanlığı ve 2004 ile 2008 yılları arasında YTÜ KOSGEB İnceleme Kurulu Üyeliği yaptı.