Eğer verilerinizi \Documents and Settings\ altında saklıyorsanız ve bunu olduğu gibi kopyalar ya da bir arşiv dosyası içine paketlerseniz, genel olarak \Documents and Settings\ altındaki her şeyi olduğu gibi kopyalayarak ve sonra Linux home dizininiz içine koyarak mevcut klasör yapınızı korursunuz.

Eğer gerçekten dikkatli olmak istiyorsanız Linux home dizininiz içinde bir klasör oluşturun ve dosyalarınızı buraya yerleştirin. Bu şekilde bir uygulama ya da sistemin kendisi tarafından oluşturulmuş herhangi bir şeyle çakışma olasılığını en aza indirmiş olursunuz. Daha sonra her şeyi başka bir yere gönderebilirsiniz.

Bir uygulamanın Windows ve Linux versiyonlarının ayarlarını aktarmak farklı bir konu ve bu işlem uygulamadan uygulamaya oldukça değişecektir. Bazen uygulama ayarları, programın Linux versiyonuna kolayca aktarabileceğiniz şekilde kendine ait bir dosya içerisinde saklanabilir. Bu her zaman mümkün olan bir şey olmadığından söz konusu adımı gerçekleştirirken azami dikkatli olmalısınız.

Bir örnek: Linux ve Windows (ve diğer işletim sistemleri) üzerinde çalışan Mozilla Firefox browser’ı, kullanıcı bookmark’larını bookmarks.html adlı bir dosya içinde saklıyor. Windows’ta bu dosya %AppData%\Mozilla\Firefox\Profiles\.default\ klasörü altında saklanıyor; buradaki Firefox kullanıcı profilinizi ayırt etmek için rastgele oluşturulan bir dizi. Linux’da ise bookmarks.html /home//.mozilla/firefox/.default içinde saklanıyor.

Diğer Mozilla uygulamaları aynı temel konsepti takip ediyor: Thunderbird posta istemcisi kullanıcı tercihlerini aynı tür klasör içinde saklıyor; Linux üzerinde /home//.mozilla-thunderbird/.default ve Windows’ta %AppData%\Thunderbird\Profiles\.default\.

Profil klasörünün içeriğini bir sistemden diğerine kopyalamak da mümkün; Mozilla’nın web sitesinde hem Firefox hem de Thunderbird için profilleri nasıl aktaracağınızı gösteren bazı açıklamalar yer alıyor. Bununla birlikte, verileri seçerek kopyalayabilirsiniz. Eğer manuel olarak tekrar oluşturmak zorunda kalmadan (bu angarya olabilir) Windows’tan Linux’a aktarmak istediğiniz Firefox bookmark’larınız bulunuyorsa yapmanız gereken tek şey bookmarks.html dosyasını Linux içinde uygun yere kopyalamak.